С 2010 года в Горно-Алтайском экономическом техникуме, помимо реализации основных профессиональных образовательных программ реализуются четыре индивидуальных модульных траектории: «Специализированный кадетский класс» (начал работу ещё в 2009 году); «Тьюторское сопровождение в образовательном процессе»; «Бизнес - тренерство»; «Учебная имитационная фирма» (с 2010-2011 учебного года действует как отдельная модульная траектория).
На сегодняшний день имеются следующие модули:
